巫溪縣中學(xué)校前身為“四川省巫溪縣立初級中學(xué)”。1940年4月，為解決本縣學(xué)生“因額見遺”和“無力遠道求學(xué)”之困境，奉節(jié)、巫山、巫溪三縣聯(lián)合設(shè)立初級中學(xué)于巫溪。校址訂于縣城南門灣麟山腳下，廣場后方，校名訂為“四川省巫溪縣立初級中學(xué)”，8月招生，9月行課。

巫溪縣中學(xué)校在馬鎮(zhèn)壩新縣城已建成鎮(zhèn)泉校區(qū)，并以投入使用。新校區(qū)共耗資2.6億左右。兩校區(qū)（本部在趙家壩）共同教學(xué)，新校區(qū)辦學(xué)初一到高二5個年級，老校區(qū)辦學(xué)高三。